É um princípio geral da agricultura biológica que cada organismo vivo deve ser tido em alta consideração: desde o mais pequeno microorganismo do solo até à maior árvore crescendo acima dele.Por esta razão, cada elo na cadeia de abastecimento de alimentos de agricultura biológica está relacionado com a manutenção, e sempre que possível aumento, da diversidade de plantas e animais. Práticas que contribuem para elevados níveis de biodiversidade são, mais uma vez, frequentemente resultantes de boas práticas agrícolas biológicas, mas também parte do Regulamento da UE para a agricultura biológica.
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